První doložená zmínka pochází z roku 1142, kdy ves spolu se dvorem náležela Sedleckému klášteru.
Roku 1396 byly klášter, dvůr i ves prodány králi Václavovi IV. Zdali v této době tvrz již existovala se neví. Avšak musela být po tomto datu postavena, neboť roku 1401 se uvádí Martin ze Soutic, purkrabě na Libenicích.
Je známo, že v roce 1412 se do královské komory platil důchod ve výši 11 kop grošů. Když byl v roce 1421 Sedlecký klášter zničen, císař Zikmund zastavil roku 1422 Libenice Eringerovi ze Steinsheimu. Zda skutečně vešly v jeho držení, není zřejmé neboť v roce 1436 náležely blíže neurčenému Hynkovi.
Roku 1437 zapsal císař Zikmund tvrz a ves, za věrné služby puškaři, Hanuši z Rychnova. On však zápis postoupil bratřím Hynkovi a Pavlovi ze Zaloňova, kteří jsou jako majitelé jmenováni v létech 1440 – 1454. Později byly Libenice v držení Kostků z Postupic. Král Vladislav je připsal roku 1498 Bohuši Kostkovi z Postupic.
Roku 1499 prodal Bohuš tvrz i ves Janu Janovskému ze Soutic. Zakrátko převzal Libenice Jan z Práchňan.
Roku 1505 patřila část Libenic Václavovi a Bohuslavovi, bratřím Loreckým ze Lkouše. Asi roku 1524 od nich koupila Libenice Kateřina z Lichtenberka, vdova po Burjanovi Trčkovi z Lípy, jejímž nástupcem se stal roku 1530 Jan starší Trčka z Lípy.
V únoru 1538 prodal p. Trčka tvrz a ves Libenice Václavu Popelovi z Vesce a na Suchdole. Pan Popel je postoupil v roce 1540 Jindřichu Smíškovi z Vrchovišť, který byl ještě téhož roku zabit, proto se statku ujal jeho syn Beneš Libenický z Libenic.
Roku 1553 byl Beneš Libenický z Vrchovišť na českém sněmu. Brzy poté zemřel bez dětí a proto se zboží ujal jeho bratr Jan Libenický s manželkou Annou rozenou Kamejskou ze Lstiboře. Pan Jan Libenický z Vrchovišť zemřel v roce 1589 a je pochován v Grunteckém kostele.
Císař Rudolf II. vyplatil Libenice ze zápisu roku 1593. Zápis trval od roku 1437 a připojil Libenice k panství Kolínskému.
Roku 1611 byly Libenice odloučeny od Kolínského panství hejtmanem Martinem Vilheinem z Vustenova. V roce 1616 byly Libenice opět připojeny ke Kolínu. Ještě v roce 1713 to byl dvůr císařský.
Roku 1778 císařská správa zrušila dvůr Libenice a pozemky rozdělila na rodiny, čímž se ves Libenice znamenitě rozšířila.
Například:
- v roce 1786 čítala 54 obytných stavení
- v roce 1801 nově postavená škola dostala č. 65
- v roce 1843 již bylo 67 čísel a 486 obyvatel
- v roce 1857 bylo 70 čísel
Z toho bylo 78 domů obydleno trvale a 37 domů sloužilo jako letní sídla.
Trvale bydlících osob bylo 255.
Tak jak se střídali majitelé obce, střídali se i majitelé tvrze. Poprvé je uvedena zmínka z roku 1437. V roce 1574 přistoupil Jan Libenický z Vrchovišť k přestavbě a rozšíření. Původní tvrz byla pravděpodobně nevelká gotická stavba, která nikdy nesloužila jako sídlo majitele statku, nýbrž jako správní středisko. Janovou přestavbou vznikla renesanční budova, která si i nadále zachovala opevnění. Po spojení s kolínským panstvím v roce 1616 tvrz sloužila jako obydlí správce dvora. V roce 1643 tvrz s částí vsi vyhořela a v tomto stavu se připomíná ještě v roce 1646. Po tomto roce údaje o vsi mizí. Je pravděpodobné, že po opravě se změnila v hospodářskou budovu dvora, která byla v průběhu 18. století dále upravována. V roce 1778 byl Libenický dvůr rozparcelován a z částí jeho budov vznikla nynější usedlost č.p. 1. K ní byly připojeny i hospodářské budovy pocházející z tvrze i interiéry zaklenuté zbytkem žebrové klenby a přilehlé místnosti. Z tvrze vede příkop zachovaný na jižní a západní straně domu č.p. 1 nyní změněný na zahrady.
Když bylo roku 1826 vyřízeno povolení o zřízení Evangelického sboru v Libenicích (do této doby evangelíci patřili sborem do Močovic), začalo se uvažovat o vybudování kostela. Počátkem roku 1827 daroval člen sboru p. Václav Starý z Libenic č.p. 1. část svého pozemku – místo na chrám Páně. Kostel byl postaven za necelý rok. V září 1827 byl posvěcen.
